Eyüp İskelesi Haliç'in zaman içerisinde dolması nedeniyle uzun yıllar işlevini sürdürememiştir. Haliç kıyısı boyunca sıralanan diğer iskeleler ile birlikte 1913 yılında İtalyan Haliç Şirketi tarafından ahşap iskele binası olarak inşa edilmiş bulunmaktadır. 1990'lı yıllarda yapılan Haliç temizleme çalışmaları neticesinde artık Eyüp İskelesine yeniden vapur yanaşabilmektedir.